18 lutego 2013 r., punktualnie o godzenie 16:00, w rozświetlonej czerwonymi barwami, Sali Wielkiej Dworu Artusa rozbrzmiały pierwsze dźwięki fortepianu. Kompozycje Fryderyka Chopina, w interpretacji Pawła Wakarecego, były pierwszym tego dnia koncertem, który wywołał burzę oklasków.
Inauguracyjna przemowę, podkreślającą doniosłość jubileuszu i znaczenie postaci Mikołaja Kopernika, wygłosił Rektor UMK Andrzej Tretyn. Nuncjusz apostolski Celestino Migliore, zwracając się do zgromadzonych, przypomniał słowa Kopernika z listu do papieża Pawła III: "obowiązkiem uczonego jest poszukiwać prawdy we wszystkim, tak dalece, jak Bóg pozwala, by prawda została poznana przez umysł ludzki”. Wskazywał, że to wyznanie zachowuje również dziś swoją aktualność. Współcześnie wybieramy nie między nauką a etyką, ale między nauką etyczną i nieetyczną - stwierdził nuncjusz. Przesłanie, jakie wystosował do zebranych watykański Sekretarz Stanu Tarcisio Bertone, odczytał biskup toruński Andrzej Suski. Marszałek województwa Kujawsko-Pomorskiego Piotr Całbecki przybliżył uczestnikom zgromadzonym list honorowego patrona obchodów - Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Bronisława Komorowskiego.
Według ekspertów do swojego przełomowego odkrycia, wybitny toruński astronom, dojrzewał podczas studiów w Padwie. Ten okres życia Mikołaja Kopernika zreferował w języku angielskim, prof. Gaetano Thiene. Następnie prof. Michał Kokowski, zajmujący się historią nauki, przedstawił referat pt. "Dziedzictwo Mikołaja Kopernika we współczesnej debacie nad kształtem uniwersytetu i stanem nauki". - Kopernik swoim dziełem podważył fundamenty swojej cywilizacji. Aktualność tego wydarzenia powraca w pytaniu o to, czy dziś naukowcy uczą studentów myśleć w pełni samodzielnie - mówił profesor.
O godzinie 18 z dziedzińca Ratusza Staromiejskiego wyruszył orszak historyczny. Na jego czele szli bębniarze, a zaraz za nimi rycerze na koniach dzierżący flagi Królestwa Polskiego i Torunia. W następnej kolejności ustawieni byli, zakuci w stalowe hełmy, piechurzy z pochodniami. Pochód zatrzymał się przy kamienicy, w której urodził się Mikołaj Kopernik. Tam odbyła się inscenizacja historyczna – płomienną mowę podkreślającą znaczenie wielkiego astronoma wygłosił Galileusz, przekazując dzieło „O obrotach sfer niebieskich”.
Orszak dotarł do katedry, gdzie odczytano list Kopernika do papieża Pawła III. Wchodzących uczestników pochodu witała, utrzymana w zimnych kolorach iluminacja, będąca mieszaniną błękitów i fioletów, z przebłyskami światła na suficie, przywodzącymi na myśl gwiazdy - stanowiła ona doskonałe dopełnienie uroczystości. Po kilkuminutowym koncercie organowym obyło się niezwykłe wykonanie utworu Krzesimira Dębskiego - Cosmopolis. Pojawiają się w nim nie tylko nawiązania do rewolucyjnego dzieła Kopernika, ale również do greckich filozofów, którzy w swych dziełach analizowali muzykę i wskazywali na jej wyjątkowe znaczenie. Śpiew chóru Astrolabium, zajmującego eksponowane miejsce w nawie głównej, zsynchronizowany był z ustawionymi w tle światłami, poruszającymi się w rytm muzyki.
Po koncercie odbyło się uroczyste złożenie kwiatów pod pomnikiem Kopernika, połączone z widowiskowym pokazem fajerwerków. Oprawę muzyczną, utrzymaną w stylu średniowiecznym, zapewniła grupa rekonstrukcji historycznej.
Spod ratusza uroczysty orszak przeszedł do Kościoła Akademickiego pod wezwaniem Świętego Ducha, gdzie punktualnie o godzinie 19:00 rozpoczęły się uroczyste nieszpory. Zgodnie z tradycją miało to miejsce tuż po zachodzie słońca. Chór Akademicki UMK zaśpiewał Maginificat oraz Psalm 23 z muzyką Johna Ruthera. Partie solowe wykonywała słynna sopranistka Elżbieta Stengert. Na sprowadzonych z Niemiec w 2004 roku, 63-głosowy organach zagrał Marcin Łęcki. Uroczystość uświetniła również działająca od kilku lat w naszym mieście Schola Cantorum Thoruniensis pod dyrekcją Pawła Głowińskiego oraz Schola Gregoriańska Wyższego Seminarium Duchownego. Na zakończenie słowo do uczestników skierował nuncjusz apostolski, abp Celestino Migliore.
